Im Jahr 2006 entwickelte sich ausgehend von der Idee der damaligen Regierung des Landes Baden-Württemberg und der Familie von Baden, mittelalterliche Handschriften der BLB zu veräußern, um mit dem erzielten Erlös die Sanierung von Schloss Salem am Bodensee zu finanzieren, der sog. Handschriftenstreit. Da neben Büchern schließlich auch Kunstwerke zur Disposition standen, weitete er sich bald zu einem Kulturgüterstreit von internationaler Aufmerksamkeit aus. 

Eine vom Land eingesetzte Expertenkommission legte 2007 ein Gutachten zum Eigentum an badischen Kulturgütern aus der Zeit der Monarchie vor, das den Grundstein für eine Einigung zwischen dem Land Baden-Württemberg und der Familie von Baden legte. Letztere hatte zuvor die Handschriften und weitere Kunstgegenstände als ihr Eigentum deklariert, was sich schließlich als weitgehend unberechtigt herausstellte. Mit dem Ankauf einzelner Stücke durch das Land Baden-Württemberg und mit dem Erwerb großer Teile der Schlossanlage zu Salem konnte der Streit im Jahr 2009 vertraglich beendet werden.